Okamžitě po dokončení Ottova slovníku naučného začal Otto práce na druhém, revidovaném vydání. Tyto práce pokračovaly i po Ottově smrti roku 1916, ale nikdy nebyly dokončeny kvůli rychle rostoucím nákladům. Původně bylo plánováno 8 dílů, každý o dvou svazcích. Poslední dva díly ale nikdy nevyšly, přestože byly k tisku připraveny. Roku 1943 byl projekt přerušen nacisty. Po válce, roku 1945, bylo vydání zbývajících dvou dílů zakázáno na popud Zdeňka Nejedlého. Důvodem měla být cenzura dílů vyšlých během nacistické okupace. Toto odůvodnění bylo často diskutováno. Podle českého historika Jana Havránka nacisté sice k cenzuře encyklopedie přistoupili, ale v mnohem menší míře, než se těsně po válce předpokládalo. Ironií osudu se text posledních dvou dílů zcela ztratil a hesla písmen ‚V‘ až ‚Z‘ už nikdy nevyšla. Posledním vydaným heslem se tak stal Užok.